หลักสูตรปริญญาโท ปริญญาเอก มหาวิทยาลัยนเรศวร บัณฑิตวิทยาลัย มีหน้าที่ในการกำกับและดูแลคุณภาพของหลักสูตรในระดับบัณฑิตศึกษาให้เป็นไปตามเกณฑ์คุณภาพที่ สกอ. และมหาวิทยาลัยกำหนด โครงการที่เปิดรับสมัครในระดับบัณฑิตศึกษาทีทั้งหมด 4 โครงการ ได้แก่ โครงการที่เปิดรับสมัคร โครงการรับสมัคร ระดับบัณฑิตศึกษา (ปริญญาเอก) โครงการรับสมัคร ระดับบัณฑิตศึกษา (ประกาศนียบัตรบัณฑิตชั้นสูง) โครงการรับสมัคร ระดับบัณฑิตศึกษา (ปริญญาโท) โครงการครู-อาจารย์ประจำการ